Le village a été fondé vers les années 1300. L'étymologie de son nom reste incertaine, tantôt wolof fi dagan na dëk signifiant un endroit propice, tantôt du nom du fondateur, Dagana. Certains disent aussi que la ville a été créée par un nommé Dah venant du Ghana. L'histoire de Dagana reste liée à celle du royaume du Waalo dont le brak (roi) guerroya dans la contrée.

Gaya, n’échappa pas aux profonds troubles socio-politiques qui secouérent dés lors la région. Un traditionaliste du Walo soutient que Alioune Diop Maimouna de Gaya, l’un des secrétaires de El hadj Malick Sy, aurait tenu de son maître ses propos : « Ma mère m’a dit : Mon Cher fils, nul n’oubliera ton jour de naissance. C’est le jour oû Faidherbe commença à tirer sur le Walo, lors de la bataille qui l’opposa aux Ceddos ». Son entrée dans ce village ayant eu lieu le 25 Février 1855. C'est dans ce contexte de crise que naquit Seydi Hadji Malick SY, de Thierno Ousmane Sy et de Fawade Wéllé. Sa lignée paternelle est originaire du Boundou, c'est de là - bas qu'elle essaima vers Souima (dans la commune de Podor actuelle) et le Djoloff. Son père fit une partie de ses études en Mauritanie mais s'arrêta également à Gaya pour étudier un ouvrage rare auprès d'un érudit du nom de Malick Sow. Il y connut une veuve, Fatimata Wade dite Fawade Wéllé et la prit comme épouse. Thierno Ousmane Sy devait mourir avant la naissance de Malick Sy, durant un séjour au Djoloff. Il put laisser cependant en héritage une bibliothèque et comme testament des instructions concernant l'éducation de l'enfant à naître. Il demanda également que le nom de son marabout à Gaya, Thierno Malick Sow fut donné à l'enfant qui naîtrait s'il était garçon. Sa mère et son oncle Alpha Mayoro Wéllé ne ménagèrent aucun effort pour l'éducation du jeune Malick.

Sa mère Fatimata Wade WELE, mariée deux fois avant l’arrivée d’Ousmane Sy à Gaya, vivait avec ses deux enfants, Abdou Boly Fall et Fanta Niang. Elle se signalait par sa sainteté et sa sollicitude envers les Talibés (élèves des écoles coraniques) de la contrée à qui elle assurait le manger et la propreté des habits. Pour eux, elle était une véritable « Ndeyi daara » (parent d'élève). La tradition rapporte qu’elle vivait jusqu’à l’arrivée d’Elhadj Omar Foutiyou Tall (RTA) dans le village, au service elle se mît jusqu’à son départ et à qui elle remît de nombreux présents. Elle put bénéficier des bénédictions du Saint Homme, maître de son frère Alfâhim Mayoro WELE